W trakcie trwania misji matryca II dotarł do nas sygnał ostrzegawczy.
Zagrożeniem dla ludzkości nie są obce cywilizacje, jak początkowo zakładaliśmy, lecz stworzona przez nie sztuczna inteligencja. Udało nam się dostać do jej głównego programu i nie mamy dobrych wiadomości. Za dokładnie 60 min ma nastąpić uwolnienie śmiertelnego wirusa, który zdziesiątkuje ludzi na ziemi. Agenci -potrzebujemy was ponownie. Namierzyliśmy miejsce, z którego możecie pobrać program na nasze urządzenie. Nie będzie to łatwe ponieważ aby to zrobić musicie pokonać całą serię zabezpieczeń.
